集装箱办理站对到发和进出的集装箱及修理、中转的集装箱必须有准确的记载，确保统计正确、防止集装箱丢失。为此，集装箱在站内应实行箱号管理。
 
所谓箱号管理，是指铁路集装箱从到达本站时起至从本站发出时止的全过程实行按箱号动态跟踪管理。箱号管理的方式有两种：计算机管理方式和手工管理方式（包括卡片法和到发登记簿法）。卡片法是使用集装箱卡片，按一箱一卡进行到达登记、动态记录和装车记录。到发登记簿法是将到达的铁路集装箱装箱逐个登记在到发登记簿上，对每个集装箱按交付、承运等动态进行记录，直至装车销号。由于人工方法进行箱号管理十分繁杂，易出差错，故应积极创造条件实行计算机管理。