集装箱铁路办理站的设施，通常包括装卸线及轨道式龙门吊、堆箱场地、辅助生产与管理区设施等。
装卸线及轨道式龙门吊
集装箱铁路办理站必须拥有一股或数股集装箱装卸线，用于集装箱列车出发前的装车、到达后的卸车，中途的换装。装卸线的股数和长度，与办理站的地位（是基地站还是一般办理站）和集装箱通过量及办理站的业务特点有关。
(1)集装箱通过量小的办理站必须有一股装卸线，装卸线应不短于相当于10节列车的长度，以一节集装箱专用车长14 m来计算，装卸线长度应不短于140 m.装卸量比较大的办理站，襄卸线长度应相应延长到相当于20节列车的长度，即280 m.
如果是中转量较大（指从一列火车转到另一列火车）的办理站，装卸线应并列放置两股，便于从一列货车上将集装箱直接换装到另一列火车。
(2)集装箱铁路基地站集装箱铁路基地站通常指有集装箱定期直达列车或集装箱专运列车始发或终端的办理站。这类办理站的装卸线一般应有两股到三股，长度通常应该是一列50节专用车长度的一半，即350 m以上。
（3）轨道式龙门吊铁路集装箱办理站通常以轨道式龙门吊作为装卸线上的基本装卸机械，以集装箱正面吊和集装箱叉车为辅助机型。轨道式龙门吊在装卸线上布置方式通常有三种：
①装卸线在轨道式龙门吊跨度内行走轨道旁（简称跨内一侧）。这样的布置方式，集装箱堆场可放在另一侧，这样堆场的面积可以比较集中，利用率较高。而且龙门吊在装卸集装箱时，装卸小车单向从箱区向列车方向移动，不跨越列车，安全性较高。卡车通道可以放在任意一端悬臂下，另一端悬臂下还可设堆场。选择跨内一侧布置方式，各种操作最协调，平面使用也比较经济，只要办理站的地形条件允许，大多数办理场均采用“跨内一侧”布置方式。
②装卸线在轨道式龙门吊跨度中间（简称跨中）。这样的布置方式，集装箱堆场只能放在装卸线的两侧，面积被分割，对于场地利用与管理均不利。龙门吊的装卸小车在装卸集装箱时，不断地在集装箱列车上方跨越，容易发生事故。相对“跨内一侧”布里，“跨中”布置的缺点较多。除非办理站的地形条件等受到很大限制，一般很少采用这种布置方法。
③装卸线在轨道式龙门吊跨度外两端悬臂下（简称悬臂下）。这种布置大多是利用原铁路线作办理站的装卸线，在铁路线一侧建堆箱场地与龙门吊行走轨道，将装卸线置于龙门吊一侧的悬臂下。这种布置方式对于在原有基础上改、扩建集装箱办理站的情况较适宜，可以有效减少投资，同时堆箱场地可以利用全部龙门吊跨度位置，堆箱量更大。这种方法的缺点是龙门吊装卸小车在装卸集装箱时，移动的距离较长，降低了作业效率。而且卡车道只能置于龙门吊的另一端悬臂下，当将集装箱在火车与卡车之间换装时，龙门吊的装卸小车所走路线更长。
