我国医药冷链物流最突出的问题有两个方面：一是除了制药企业发运以外，大量冷藏品在商业环节缺乏有效的冷链运输条件。许多企业托运冷藏品，一旦涉及到多家物流公司之间的分驳作业，药品在托运终端就很难再保证冷藏运输条件。尤其是在冷藏品退货环节，即逆向物流阶段，冷藏条件几乎完全丧失，这可能带来严重的药品质量问题；二是我国医药公司普遍采取的小批量、多批次的发运方式，决定了其很难实现冷藏品的规模集运，这也给选择物流公司带来了难题。

造成上述现象的原因有多种，但是最大的瓶颈还是市场因素导致了医药企业集运难度太大，而具备多批次、小批量冷藏品运输条件的社会物流企业太少。

尤为关键的是，国内缺乏强制性的冷藏品运输法规和地方冷藏品集运中心，因此造成了现在的问题难以解决。不可否认的是，医药行业内冷藏品运输冷链断裂是客观存在的现象：一般而言，在200公里以内的范围，制药企业和总经销、二级经销企业之间的直接运输基本上能满足冷链运输条件。但是运输距离超过200公里的，随着冷藏药品开始分销往各级终端，冷链运输条件开始逐步丧失，尤其是销售退货环节的冷链运输基本空白。

随着我国医药行业GSP条款的强制推行，医药公司普遍配备冷藏库，而且冷藏库的管理是经过各省级食品药品监督管理局严格认证和监控的。因此，中国的医药冷藏物流正逐步走向规范化。