目前，我国尚未建立综合的物流体系，对铁路来说，是一次较好的发展机遇，也是一次运输市场的重新划分，更是运输资源重新配置的过程，铁路必须抓住这个关系未来发展的契机。 有一定的优势但更多的是问题 虽然铁路集装箱运输作为一种特殊的运输方式，在融入现代物流过程中有着其他运输方式所不可比拟的优势。 铁路有专业的装卸机械和从业人员，可以为社会提供专业化的集装箱运输服务。铁路运输有比较成熟的应用信息技术，例如TIMS、DIMS等。TIMS即铁路运输管理信息系统，DMIS即铁路行车调度指挥系统。
目前，我国正在北京、上海、广州等中心城市及港口城市建设18个集装箱中心站，使其相互间能开行集装箱班列，成为全国及区域铁路集装箱运输中心；并将要建设40个左右靠近省会城市、大型港口城市及主要内陆口岸的集装箱办理站，使之成为地区铁路集装箱运输中心。但我国铁路由于环境的制约和其他方面的影响，还存在很多问题。体制上和机制上，铁道部集装箱中心与各局的“分中心”是一种松散的伙伴关系，既没有资产纽带，也没有行政隶属关系，双方都缺乏激励和约束，导致目前铁路集装箱运输权责不明确，经营无约束、盈亏难算清，管理上缺乏一整套科学的、强有力的利益、风险、责任制约机制。
铁路集装箱运输基础设施薄弱，配套设施不完善。
首先是箱形结构不合理。我国铁路传统上以小型箱为主，1t、5t、10t箱占主导地位，而国际上通用的20ft、40ft所占比例不大。目前中小型箱严重积压，造成了大量空集装箱的输送，制约了集装箱资源的合理配置。
二是铁路缺少适应国际标准箱装卸的专用设备，降低了装卸速度和效率，造成了标准箱及现有装卸机械的严重损坏，使运输成本提高。
三是铁路专用车辆发展相对缓慢，集装箱专用平车明显不足，车辆代用比较普遍，形成集装箱与普通货物争车辆、争能力的现象。目前，适合集装箱运输的X6A、X6B型专用车辆数量较少，全国只有5000余辆。
四是铁路集装箱办理场站数量少、分布不合理，基础设施落后。目前，全路有对外公布的集装箱办理站609个，平均站间距102km。其中能够办理40英尺箱的车站122个，能够办理20英尺箱的车站424个。在全路集装箱办理站中，绝大部分为综合性货运站，多数与笨零货物共用场地。在这些办理站中，普遍存在着站间分布不均衡，站内设备落后、能力不足以及对集装箱的维护、修理能力不足等问题。
五是主要通道运输能力紧张。2004年铁路集装箱运量为5952万吨，主要集中在广州、成都、天津、上海、北京、乌鲁木齐、昆明、重庆、哈尔滨、兰州等10大集装箱作业点，发送量占集装箱总量的30.33%，到达量占总量的35.46%。京广、京沪、京哈、陇海等主要铁路干线能力紧张，已不能满足铁路集装箱运输的需求。
另外，集装箱运量季节上的波动性和地域上的不平衡性，对线路能力提出了较高要求。随着集装箱运输量的增大，空箱调配量也将增加，占用能力也会增多，这就需要有足够的运输能力来保证。
铁路集装箱运输组织方式落后
我国铁路集装箱与普通货物混编及进行技术作业，中转环节多，在途时间长，送达速度低；单层装卸，运输量小，无法适应社会需求。
铁路集装箱运输与其他运输方式协调性差，不能有效配合实现“门到门”服务，也不得不在港口二次拆箱，增加了运输环节和费用。
铁路集装箱运输信息管理手段落后，一直缺少高效率的电子数据交换系统(EDI)，增加了运输中掌握箱源及监控运输过程的难度，也使铁路集装箱运输无法积极参与多式联运融入现代物流。
融入现代物流的对策建议
为提高铁路集装箱运输效益，铁路必须对集装箱运输体制进行更深刻的变革，建立现代企业制度，权责明确，使之适应现代物流的发展。
集装箱运输多为高附加值货物，对实效性的要求很高。必须加快建设发达完善的铁路网，提高铁路运输能力。实现运输能力的快速扩充，在主要繁忙干线实现客货分运，形成覆盖全国的大能力货运网络，适应现代物流发展需要。
必须合理规划办理站，在布局上，应合理确定间距。同时，应提高设备能力、办理站存储及装卸作业能力及办理站的整列接发能力。
在铁路枢纽站应建设一个集装箱中心站。既有集散铁路集装箱的功能，又要成为城市的物流配送中心。集装箱中心站的建设要有便利的公路交通和大规模的库房参与地区物流业的竞争。
改进运输组织，组织集装箱快运直达专列，提高集装箱输送量、线路通过能力和集装箱运输的经济效益。
增加班列运输的比重，适时开展双层集装箱专列运输，进一步降低运输成本，满足集装箱的运输需求，实现增运增收。在吞吐量大的主要沿海港口，铁路应按照国际惯例制定相应的法规积极参与多式联运，促近现代物流业的发展。
加强信息化建设，实现集装箱堆场自动化管理，使得分布于世界各地的集装箱运输公司、集装箱所有人和托运人等能够通过堆场的电子网络系统，随时掌握集装箱的动态，如集装箱的搬运、保养、修理等处理过程和发生的每一笔费用。
集装箱堆场借助管理网络，可以随时根据历史数据检查堆场历年来的工作成效，追求异常情况发生的原因，从而提高堆场的服务水平。
此外，应用铁路集装箱信息系统，提供个性化服务，发展第三方物流。
