我国铁路集装箱结构单一，特别是大型集装箱空缺，标准化水平较低，制约了我国铁路和其他运输方式开展多式联运，特别是国际多式联运。专用集装箱品种不够丰富，不能满足高质量、高附加值货物运输的需要。

        装卸设备落后。目前，国内集装箱龙门吊多为80年代、90年代的产品，设备比较陈旧，性能无法满足现代化集装箱场站的装卸要求，适应性差，造成装卸效率低、箱损严重。 

        集装箱专用平车保有量不足，这已成为制约集装箱运量快速增长的重要障碍。目前，我国铁路集装箱的信息管理手段还比较落后，现有的TMIS集装箱追踪系统和集装箱车站报告管理信息系统没有发挥应有的作用。大量的单证处理仍沿用传统的办法传递。另外，集装箱多式联运的协调信息网也未联通，全程服务较难，只有一小部分的集装箱适箱货源实现了“门到门”运输。