铁路集装箱办理场站数量少、分布不合理，基础设施落后。目前，全路有对外公布的集装箱办理站609个，平均站间距102km。其中能够办理40英尺箱的车站122个，能够办理20英尺箱的车站424个。在全路集装箱办理站中，绝大部分为综合性货运站，多数与笨零货物共用场地。在这些办理站中，普遍存在着站间分布不均衡，站内设备落后、能力不足以及对集装箱的维护、修理能力不足等问题。

        另外，集装箱运量季节上的波动性和地域上的不平衡性，对线路能力提出了较高要求。随着集装箱运输量的增大，空箱调配量也将增加，占用能力也会增多，这就需要有足够的运输能力来保证。铁路集装箱运输组织方式落后,我国铁路集装箱与普通货物混编及进行技术作业，中转环节多，在途时间长，送达速度低；单层装卸，运输量小，无法适应社会需求。铁路集装箱运输与其他运输方式协调性差，不能有效配合实现“门到门”服务，也不得不在港口二次拆箱，增加了运输环节和费用。铁路集装箱运输信息管理手段落后，一直缺少高效率的电子数据交换系统(EDI)，增加了运输中掌握箱源及监控运输过程的难度，也使铁路集装箱运输无法积极参与多式联运融入现代物流。