为提高铁路集装箱运输效益，铁路必须对集装箱运输体制进行更深刻的变革，建立现代企业制度，权责明确，使之适应现代物流的发展。

集装箱运输多为高附加值货物，对实效性的要求很高。必须加快建设发达完善的铁路网，提高铁路运输能力。实现运输能力的快速扩充，在主要繁忙干线实现客货分运，形成覆盖全国的大能力货运网络，适应现代物流发展需要。

必须合理规划办理站，在布局上，应合理确定间距。同时，应提高设备能力、办理站存储及装卸作业能力及办理站的整列接发能力。

在铁路枢纽站应建设一个集装箱中心站。既有集散铁路集装箱的功能，又要成为城市的物流服务配送中心。集装箱中心站的建设要有便利的公路交通和大规模的库房参与地区物流业的竞争。

改进运输组织，组织集装箱快运直达专列，提高集装箱输送量、线路通过能力和集装箱运输的经济效益。

增加班列运输的比重，适时开展双层集装箱专列运输，进一步降低运输成本，满足集装箱的运输需求，实现增运增收。在吞吐量大的主要沿海港口，铁路应按照国际惯例制定相应的法规积极参与多式联运，促近现代物流业的发展。

加强信息化建设，实现集装箱堆场自动化管理，使得分布于世界各地的集装箱运输公司、集装箱所有人和托运人等能够通过堆场的电子网络系统，随时掌握集装箱的动态，如集装箱的搬运、保养、修理等处理过程和发生的每一笔费用。

集装箱堆场借助管理网络，可以随时根据历史数据检查堆场历年来的工作成效，研究异常情况发生的原因，从而提高堆场的服务水平。