铁路冷藏运输面临困境的原因分析可以为主客观两个方面。客观方面，长途大宗易腐货物运输有所减少、市场对冷藏车的需求状况呈季节性变化和公路在竞争中挤占市场成为主要的原因，主观方面，管理体制不适应、对易腐货物运输缺乏足够重视、运输组织工作难度大、运输工具不适应市场要求、运价缺乏灵活性，内部比价不尽合理和财务收支不配套成为主要的原因。
          
客观原因：
 
长途大宗易腐货物运输有所减少
 
由于易腐货物供销市场发生了较大的变化，对果菜需求从原来的生存依赖型向品种调剂型发展。此外蔬菜基地的北移，使一些长途运量变为中途运量，以及由于各地肉类供应大部分能自给自足，近年来牲畜疫病发生增多，疫区肉类货物严禁外运，对俄罗斯出口冻肉量锐减等原因，使机冷车的运量明显下降。
 
市场对冷藏车的需求状况呈季节性变化：
 
由于易腐货物季节性强，运量波动大，对冷藏车的需求有淡旺季之分，如元旦春节前南菜北运旺季和热季冻肉运输期间，南方易腐货物运量较大的铁路局，呈现出冷藏车短缺，供不应求的现象。而这一季度过后，又出现冷藏车闲置严重，经常压站压线，甚至打入备用等状况。
 
公路在竞争中挤占市场：
 
公路由于适应易腐货物运输的需求，挤占了大部分市场份额。南方产的水果蔬菜以黄河为界，黄河以南的运输，全部由公路垄断，许多长距离、高附加值赶市场的水果、蔬菜公路运输量也很大，据统计，果品、蔬菜等易腐货物的运输约3／4被公路挤占，短途运输几乎全被公路包揽。
 
主观原因：
 
管理体制不适应：
 
当前，我国铁路冷藏运输的管理体制仍沿用的是计划经济下形成的按专业条块分割的管理模式，冷藏车的造、修、用、管和投资建设等分属不同部门，冷藏运输的运输主体和经营主体不清晰。其在财务制度上又实行的是收支两条线的办法，造成投入与产出分离，工效分离。在这种情况下，冷藏运输的好坏，冷藏车的运用效率的高低与参与冷藏运输的工作人员无直接的利益关系，因此加速冷藏车的周转，加速货物送达，提高运输质量成为一句空话。这是造成冷藏运输效率低、运量下降的主要原因。
 
此外，由于铁路目前政企未分开，使得冷藏运输缺乏正确的经营主体。分散管理、多头决策，造成效率低下，尤其表现在新技术、新方法和新工具的采用上更是如此。如对冰冷车实行按号监督管理、机冷车定检制度的改革、建立加冰质量监督检查制度、冷藏车运价制度改革等也是早应该解决而迟迟没有解决的问题。冷藏集装箱和单节机冷车是能适应市场需求并在国外铁路得到广泛应用的运输工具，但在我国铁路由于一直未能解决其配套设施而无法形成运输能力。
 
对易腐货物运输缺乏足够重视：
 
易腐货物具有储运期短、季节性强、运量波动大、技术要求高等特性，因此对运输组织有“优质、快速、适量、均衡”的特殊要求。但由于易腐货物运量占铁路货运量的比重较小，在运输组织车辆调配等方面，不是按易腐货物运输的快运要求给予特别的对待，极不适应易腐货物运输市场的要求。
 
同时，由于长期在计划经济、政企合一体制下，相关单位和人员注重铁路冷藏运输的社会公益作用，忽视其企业的经济效益，因此不进行各项成本细算，致使在各项运输和财政指标统计中，对易腐货物未单独统计，造成资产不清，收支不明，给经营分析工作带来较大的困难。由于对铁路易腐货物运输重视程度不够，因此对服务于全路的路网性冷藏运输设施的投资不足，这是造成铁路冷藏运输设备更新迟缓、能力不足的重要原因。
 
运输组织工作难度大
 
由于易腐货物运输的季节性明显，时效性强等特点，对冷藏车车辆调度的及时性有较高要求。但目前冷藏车调度工作尚不能适应市场运输需求。一是由我国自然环境决定的，易腐货物运输的货物流向在一定期间内通常都是单向的，即车辆回空量较大。由于经济考核指标对空车回送不利，这就给车辆调度带来一定难度。二是在每年一、四季度水果蔬菜运输旺季，也是铁路运输最繁忙的季节，特别是春运高峰期，存在着客货运输在能力利用上的矛盾，冷藏车运输十分困难。三是各级调度系统目前无车辆跟踪管理技术和专人调度的情况下，无法实现对加冰冷藏车的随时掌握和进行冰冷车的及时调配。
 
运输工具不适应市场要求
 
目前正在运用的铁路机械冷藏车主要是成组式的，其中B20型为9辆1组(装货8辆)，其余为5辆1组(装货车4辆)。随着易腐货物运输市场的变化，大宗货源量减少，机冷车的运用受到了制约，车辆运用效率大幅度下降。冰冷车虽是单节的，较机冷车灵活，但受机身技术条件限制要中途加冰，每加一次冰就需要在加冰所所在站停留12h以上，运到期限增加1天。这就必然使货物运到速度大大降低，不利于易腐货物的时效性要求。
 
运价缺乏灵活性，内部比价不尽合理
 
由于易腐货物受季节性、运输质量、时效性影响大，在不同的季节不同的运输质量和运输期限下，市场价格相差较大，而铁路运价相对固定，形成旺季不能提价增收，淡季价高赶走货源的局面，不利于拓展易腐货物运输市场。
 
目前，按货物要求，铁路运输易腐货物主要采用冷藏车与棚敞车运输，分别适用机冷车运价、冰冷车运价和2、3、4、6号运价，不同的运价号之间有高低不等的比价。有些运输条件要求不高的蔬菜和水果适用车种较多，采用冷藏车与棚敞车运输的运价差距较大，因此，一、四季度南菜北运期间，货主多采用棚敞车加土保温办法运输。另外，对于运输条件相似的蔬菜和水果，使用棚敞车运输时，却分别使用2号和6号运价，也因此造成冷藏车部分大宗水果货源流失。此外，机冷车和冰冷车运价的差距过大，对机冷车的运用显然不利。
 
财务收支不配套
 
铁路在财务收支制度上一直采取收支两条线的方式，冷藏运输又采用一揽子运价，将运费、车辆使用费和制冷费捆绑在一起，形成机冷车和冰冷车两类运价，这种财务运作模式和运价体系使冷藏运输的运输收入都作为了装车局的运输收入，与通过局和到达局关系不大，而为冰冷车中途加冰服务的中途加冰费和机冷车所发生的运输费用和检修费用则分别由铁路局的运输成本和铁道部的货车成本负担。
 
加冰所在行政上归所在车站管理，在财务上一般也是独立核算单位，所有财务核算均由车站财务核算统一管理。加冰所的费用含在车站的总费用中，每年核算一定加冰所的费用上，按计划下达一个额度由加冰所掌握，不是按加冰量实报实销。这就从体制上和费用上制约了加冰所的任务量，多加冰就会多支出，车站就多负担。中途加冰所一般设在编组站，编组站的清算收入主要来自办理辆数、装车数和进款收入，中途加冰成了有功无效，其管理和检修工人的工资要靠其他人员的收入来弥补。凡此种种使铁路局、铁路分局和车站都把加冰所看成负担，不愿在设备更新上投资，设备老化、产冰量不足成为普遍的问题。部分加冰所为了完成加冰任务去买冰，这无疑加大了车站的运营开支，加冰所成了车站的一个沉重包袱。