铁路集装箱运输基础设施薄弱，配套设施不完善，具体表现在以下几个方面：
（1）箱形结构不合理
目前，我国铁路集装箱有国内标准集装箱1t、5t和国际标准集装箱20ft、40ft两种箱型，我国铁路传统上以小型箱为主，其中1t、5t箱占主导地位，而国际上通用的20ft、40ft国际标准箱所占比例不大。根据集装箱发展规划，1t、5t箱将逐步被淘汰，铁路集装箱将向国际箱发展。但铁路一批小货主用惯了中小型箱，为此，各站都尽可能保留中小型的箱子，再加上中小型箱子保有量下降，造成了箱型与需求之间的矛盾。一方面，有的铁路局中小型箱严重积压，一方面有的铁路局中小型箱严重不足，这样就造成了大量空集装箱的输送。集装箱回空成本一定程度上制约了集装箱资源的合理配置。
（2）集装箱装卸机械落后
铁路缺少适应国际标准的20ft、40ft集装箱装卸的专用设备。这一方面降低了装卸作业的速度和效率，另一方面也造成了20ft、40ft集装箱及现有装卸机械的严重损坏，使运输成本提高，不利于集装箱运输的发展。
（3）集装箱运输专用平车数量不足
2004年底，我国铁路保有的集装箱专用平车共计1.3万辆，主要的品种有：X6A型、X6B型、X3TEU型等几种。由于集装箱运量的持续增长，需要使用专用车较多，而铁路专用车辆发展相对缓慢，集装箱专用平车明显不足，车辆代用比较普遍，形成集装箱与普通货物争车辆、争能力的现象。目前，适合集装箱运输的X6A、X6B型专用车辆数量较少，全国只有5000余辆，不适应发展需要。
（4）铁路集装箱办理场站数量少、分布不合理，基础设施落后
（3）集装箱运输专用平车数量不足
2004年底，我国铁路保有的集装箱专用平车共计1.3万辆，主要的品种有：X6A型、X6B型、X3TEU型等几种。由于集装箱运量的持续增长，需要使用专用车较多，而铁路专用车辆发展相对缓慢，集装箱专用平车明显不足，车辆代用比较普遍，形成集装箱与普通货物争车辆、争能力的现象。目前，适合集装箱运输的X6A、X6B型专用车辆数量较少，全国只有5000余辆，不适应发展需要。
（4）铁路集装箱办理场站数量少、分布不合理，基础设施落后
目前，全路有对外公布的集装箱办理站609个，平均站间距102km。其中能够办理40英尺箱的车站122个，能够办理20英尺箱的车站424个，集装箱专用办理站不足。在全路集装箱办理站中，绝大部分为综合性货运站，多数与笨零货物共用场地。在这些办理站中，普遍存在着站间分布不均衡，站内设备落后、能力不足以及对集装箱的维护、修理能力不足等问题。
（5）主要通道运输能力紧张
近年来，我国铁路集装箱运量逐年增加，2002年为4819万吨、2003年为5902万吨、2004年为5952万吨。铁路集装箱运量主要集中在广州、成都、天津、上海、北京、乌鲁木齐、昆明、重庆、哈尔滨、兰州等10大集装箱作业点，发送量占集装箱总量的30.33%，到达量占总量的35.46%。集装箱运输多为高值货物，要求运输快速、准时，需要铁路线路具有较高的通过能力。京广、京沪、京哈、陇海等主要铁路干线能力紧张，已不能满足铁路集装箱运输的需求，因而制约了集装箱运输的发展，并影响到集装箱运输质量的提高。
（5）主要通道运输能力紧张
近年来，我国铁路集装箱运量逐年增加，2002年为4819万吨、2003年为5902万吨、2004年为5952万吨。铁路集装箱运量主要集中在广州、成都、天津、上海、北京、乌鲁木齐、昆明、重庆、哈尔滨、兰州等10大集装箱作业点，发送量占集装箱总量的30.33%，到达量占总量的35.46%。集装箱运输多为高值货物，要求运输快速、准时，需要铁路线路具有较高的通过能力。京广、京沪、京哈、陇海等主要铁路干线能力紧张，已不能满足铁路集装箱运输的需求，因而制约了集装箱运输的发展，并影响到集装箱运输质量的提高。
另外，集装箱运量季节上的波动性和地域上的不平衡性，对线路能力提出了较高要求。据统计，日均发送集装箱一、三季度偏低，二、四季度偏高，特别是第四季度剧增。运量的波动要求线路能力不仅要满足于运输淡季的需要，还要满足运输旺季的需要。随着集装箱运输量的增大，空箱调配量也将增加，占用能力也会增多，这就需要有足够的运输能力来保证。
