随着集装箱运输的逐步发展、成熟，与其相适应的、有别于传统运输方式的管理方法，形成了一套适应集装箱运输特点的运输体系。
1． 经营集装箱运输的船公司
经营集装箱运输的船公司与不经营集装箱运输的船公司，在经营上的主要不同点：
（1） 集装箱船公司大多采用联合经营的方式；
（2） 承运人的责任从船边交接，延伸到到陆上、内陆城市或其他支线集散点交接；
（3） 业务经营管理有两套系统。一套是传统的货运订舱单证签发业务；另一套则是引进先进技术的集装箱门式起重机经营管理系统。
2． 无船承运人
传统的看法是，承运人必须与托运人订有运输合同的船舶所有人或实际控制船舶的经营人，即作为承运人，运输工具必须归属他经营。
集装箱运输中，经营集装箱货运的揽货、装箱、内陆运输及经营中转站或内陆站业务，但不经营船舶的经营者，称为无船承运人。即实际控制集装箱的人，虽不经营船舶，也可称为承运人。在国际集装箱联运中，这种无船承运人往往就是联运经营人。
3． 集装箱出租公司
这是随着集装箱运输发展而兴起的一种新行业。它专门经营集装箱的出租业务。
集装箱出租的主要对象是规模较小的船公司，也租给无船承运人或货主。集装箱的租赁可以使船公司节省因集装箱闲置而发生的非生产时间的损失和管理费用的支出，可以减少集装箱的自然损耗，也可以消除因货运流向，流量的不均衡而发生的空箱运输，还可以减少生产投资。
4． 集装箱装卸区
集装箱装卸区是办理集装箱运输的具体经营部门。它受承运人的委托，办理下述业务：即整箱货的交接、存储和保管，设有拼箱站时，办理拼箱交接，安排集装箱船的靠泊、装卸、编制航次积载图，填制有关货运单证，填制并签验集装箱运载工具的出入及流转的单证。联系或办理集装箱及运载工具，装卸机械的检查、维修及空箱的清扫，空、重箱的熏蒸工作，空箱的收、发、贮存和保管，提供空箱和重箱在堆场的堆码和编制场地分配计划，向船公司报告动态。
5． 集装箱货运站
货运站是拼箱货装箱和拆箱时，船、货双方办理货物交接的地方。在一个港口或内陆城市，承运人可以向一个货运站的经营人提出委托，接受委托后，货运站可代表承运人办理以下业务：即拼箱货的理货和交接，检验货物的外表状况，发现异状时须向有关单证上批注，拼箱货的配箱、积载和装箱，进口集装箱的拆箱、卸货和保管，货物装箱后在箱门上施加封印，并签发场站收据，办理各项单证的签发和填制，联系海关监装，同有关方结算费用。
