1. 对物流理论的研究还不够系统和深入。当今物流管理理论的研究和实际应用都已取得了长足的进步，出现了许多新的理论。我国物流管理的研究者刚刚接触这些新理论，有待于进一步消化和吸收。
2. 电子商务物流企业的基础设施尚不完善，新技术、新装备应用相对较少。许多电子商务物流企业对现代物流的概念、地位及作用认识不够，设施陈旧，物流管理的电子化程度还较低，不能满足迅速发展的电子商务的要求。
3 .“无法可依”，电子商务物流发展的制度环境有待完善。
4. 商业环境相对落后，造成电子商务物流服务需求不足，而且专业化服务程度低。我国企业中自营物流的占大多数，导致专业的物流代理服务得不到充分利用。大批功能单一的货代企业服务范围窄，横向联合薄弱，不能提供完整的供应链服务，无法满足客户在时间性和服务质量方面的要求。
5. 物流人才严重缺乏，无法为新的物流体系的建立提供足够的智力支持。
