除铁路、煤码头、储煤基地外，水路在煤炭运输体系中也是不可缺失的一环。目前，我国煤炭水运系统主要包括：北煤南运的沿海煤炭运输系统，徐州至苏南、浙江的京杭运河煤运系统，长江沿线的长江干线煤运系统以及贵港至珠江三角洲的珠江煤运系统等。其中，北煤南运沿海煤炭运输系统在水路煤运最为重要。
 
由于煤炭水路运输受市场需求、气候等多种因素影响，因此，确保系统有效运转显得十分重要。对此，地方海事部门每逢电煤抢运的关键时候都会开通“绿色通道”，对干线航道进行全天候巡航。据了解，目前沿海散货船型以1—3万吨船舶为主，占总吨的近一半。因拉煤船舶偏小，影响煤炭周转的事件也屡有发生。对此，有专家建议，在加强运煤铁路建设的同时，也需加快大型泊位和深水航道的建设，多租用大型煤船拉煤，实现北方港口“大进大出”，铁路万吨大列对港口大型船舶。
 
统计数据显示，今年上半年，我国煤炭进出口延续了2009年以来的净进口态势，实现煤炭净进口7905万吨，比去年同期的3660万吨增长94%。其中，国内外煤炭市场价格倒挂是煤炭净进口的重要原因之一。随着越来越多的澳大利亚煤、越南煤等进口煤炭流入我国华南、华东地区，海运资源的变化，将引发我国电煤运输流向流量的变化，外贸进口运输将成为重要一极，形成“北出南进”。再加上我国新能源投资建设提速，将对现有煤炭运输格局产生一定影响。
 
有数据显示，2009年煤炭进口量占到大秦线煤炭运量的36%，对北煤南运的替代作用比较明显的。未来5年煤炭进口量将保持快速增长态势，预计对“西煤东运”的影响会趋于加大。
苏顺虎在通气会上介绍：“铁路部门将积极做好新产品的开发，组织开发限时运达、水铁联运、空铁联运、公铁联运、国际联运等特色产品。在具备条件地区尝试开行小编组、高密度城际间快速班列，抓好以东南沿海铁路为重点的铁海集装箱快运列车的开发，探索货物列车客车化开行模式，更好地满足社会经济发展过程中不同层次的市场需求。”