我国集装箱海铁联运在技术标准、法制法规、信息化网络建设、市场化体制等诸多方面还存在明显的缺陷，这极大地阻碍了我国集装箱海铁联运的发展。

目前，影响我国集装箱海铁联运发展的因素主要包括运行体制、运输组织、配套设施、服务市场网络、价格体系、信息系统等6个方面——

运行体制存在明显障碍。我国公路、水路由交通运输部主管，铁路由铁道部主管，国际集装箱运输还涉及海关、检验检疫等监管部门和金融机构，这些并行的政府主管部门在管理规定、管理方法、管理手段以及系统运行等方面的做法和特点都有明显不同。

运输组织缺乏有效协调。在运输组织方面，我国路、港、船、货等各环节自成一体，信息系统相互割裂，信息传递阻滞和重复手工操作现象严重，尤其是铁路体系与集装箱海运体系在运票、运价和违约补偿等方面明显不一致，单据、货票和业务信息内容等尚未统一，集装箱海铁联运运输组织缺乏有效协调。

配套基础设施建设严重滞后。集装箱港口缺乏海铁联运枢纽或功能不完善，许多集装箱港区没有铁路装卸线，而在内陆地区缺乏按国际标准运作的集装箱铁路场站。

服务市场尚未完全建立。目前， 绝大多数船公司和多式联运经营人在内陆没有代理机构，而内陆的很多公司又没有国际货运代理权限。由于缺乏合适的中介机构，多式联运经营人很难报出“一口价”，也很难进行各方面的衔接。

价格体系不适应箱源格局和市场竞争。我国铁路运价由国家发改委管理，铁路集装箱班列运价由铁道部控制，铁路运价调整方案需层层上报，不能及时根据市场情况进行变化，调整机制很不灵活。这一价格体系与我国集装箱箱源格局和运输市场格局不相适应。

信息服务系统有待完善。目前，中国铁路部门已建立TMIS和DMIS两大信息系统，基本可以在铁路内部实现信息共享。但是这两大信息系统，与港口还无法实现共享数据，存在大量的数据重复录入的现象，客户也无法通过自有终端设备及时跟踪集装箱箱体运行情况。

此外，据记者了解，船公司的积极性高低、铁路货运现状(供需、班期、商务规则)等因素，也是制约我国集装箱海铁联运快速发展的重要客观因素。比如，海铁联运的主体是船公司，船公司积极性的高低决定了联运规模的大小。一方面，内陆出口货物往往是农产品或农副产品，同样一个20英尺箱的重量可能是轻泡箱的4倍，如此船公司不得不考虑既要保证吃水适航，又要保证全部舱容的利用，如果不能同时兼顾这两个因素，船公司就可能会拒绝此类货物的订舱。另一方面，由于内陆运输条件差，集装箱周转时间长、成本高，相当一部分船公司对开展内陆联运的积极性不高。